Stichting NIVOZ wordt geleid door een directie van twee, Gabrielle Taus (algemeen directeur) en Rob Martens (wetenschappelijk directeur), een aantal medewerkers dat hun werk veelal vanuit de thuishaven Driebergen verricht, plus een groep docenten die vanuit NIVOZ-opleidingen trajecten verzorgt. Daarnaast is er een Raad van Toezicht. NIVOZ kan het vele werk dat op haar afkomt doen door een uitzonderlijk hoge betrokkenheid van de medewerkers en een groeiende groep vrijwilligers – mensen binnen en buiten het onderwijs.